Freya Müller sammelte erste berufliche Erfahrungen als pädagogische Fachkraft in der Kindertageseinrichtung. Anschließend studierte sie Bildungs- und Erziehungswissenschaft an der Freien Universität Berlin. Nach ihrem Studium begann sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin am Leibniz-Institut für Bildungsforschung (DIPF) im Rahmen der Wiko-Studie. Anschließend war sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin an der Freien Universität Berlin im Projekt LemaS tätig mit dem Schwerpunkt Übergang Kita - Grundschule und frühe naturwissenschaftliche Begabungspotenziale bei Kindern. Seit Juni 2023 arbeitet Freya Müller als wissenschaftliche Referentin in der Weiterbildungsinitiative Frühpädagogische Fachkräfte (WiFF) im Projekt Digitalisierung.